燃油滤清器都是采用过滤式滤清。在早期，汽油滤清器的滤芯有金属片缝隙式、金属滤网式、尼龙布式、多孔陶瓷式等几种；柴油滤清器的滤芯有筒式毛毡式、尼龙布式、棉纱式等几种。这些滤芯通过性能好，使用寿命长，但普遍存在滤清效率低、结构复杂、成本高、保养不便等缺点，已逐渐被淘汰。
目前，汽油滤清器和柴油滤清器都普遍采用微孔纸质滤芯，经酚醛树脂处理，制成折叠筒式，具有通过性能好、滤清效率高、结构简单、成本低、保养容易等优点。