功能指标包括功能模块、工作流引擎、准确性和适应性以及定制化四个方面。功能模块主要是评价系统的功能模块和企业需求的关联程度。工作流引擎用于评价ERP系统的工作流引擎是否具有可视性是否能够处理各种复杂情况是否可以读取和存储数据库中的业务数据等。准确性和适应性用于评价系统的正确性以及处理不同业务和业务量时具有的性能。定制化指标主要用于描述系统是否需要定制、需要定制功能模块的数量、定制内容的复杂程度以及厂商的态度等。由于经过定制的系统可能会存在一定的安全质量隐患所以不建议通过大量定制来满足企业的需求。