立秋后气候转凉，光照充足，降水渐少，韭菜光合作用旺盛，快速生长，营养向根系积累，是壮苗养根的关键时期，所以秋季要加强水肥管理，病虫防治，促使根系发育，打下明年早萌芽和提高产量的基础。
入秋后，进入旺盛生长时期，应分期追肥、浇水，促植株生长。韭菜的追肥应以氮肥为主，配合适量磷、钾肥。只有氮素肥料充足叶子才能肥大柔嫩，与其他蔬菜相比吸氮量较高，但氮素过多易造成韭菜倒伏。增施钾肥可以促进细胞分裂和膨大，加速糖分的合成和运转；施入足量的磷肥，可促进植株对氮肥的吸收，提高产品品质。另外，有机肥料的施入可以改良土壤，提高土壤的通透性，促进根系生长，改良品质。可以使用北美农大战胜王系列水溶肥料。水分是影响韭菜产量和品质的重要因素，水分不足，纤维含量增加，丧失柔嫩特点。但田间积水易引起根茎腐烂，高温高湿易诱发病害。
肥水管理：立秋后气温渐低，有利韭菜生长。在韭菜迅速生长之前，应进行一次重追肥。追肥时用竹竿从行间把韭菜拨向两侧，露出行间地面，开小沟，内撒放豆饼，然后盖土。施肥后浇一次大水。也可先浇水，待畦面适宜后，用竹竿从行间把韭菜从行间分向两侧，将豆饼撒施于行间，接着划锄，将豆饼与土混匀再踏实。以后每5～7天浇水1次，连浇4～5次。9月下旬结合浇水每667平方米施尿素20千克，10月上旬停止浇水施肥。
停割防倒：韭菜养根期间停止收割，停割后韭菜生长快易倒伏，田间隐蔽后，常发生病害烂叶状况，因此，要在韭菜畦两边支架，畦内拉铁丝以防韭菜倒伏，这样有利于田间通风透光，保持韭菜旺盛的光合作用，促进韭菜生长，减少病虫害发生。
病虫防治：韭菜养根期间要注意病虫害防治。主要病害是韭菜疫病和灰霉病，高温多湿是发病的主要原因，常用药剂有50％多菌灵可湿性粉剂500～800倍液，适当的喷施叶面肥可以使韭菜嫩直增绿长得快。虫害主要是韮蛆、蓟马等。韮蛆秋季在9～10月危害，防治幼虫可用50％辛硫磷乳油3000倍液，进行灌根。
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